La Cattedrale ha subito molte vicissitudini e rimaneggiamenti, così come le reliquie del santo cui è dedicata, Sant’Agapito. Questi è un martire del III secolo; secondo alcuni martirologi era un giovinetto prenestino e fu perseguitato ed infine decapitato sotto l’imperatore Aureliano. Gli episodi del lungo martirio sono rappresentati all’interno della chiesa ad opera del Bruschi (1840 - 1910). L’edificio fu dedicato con una solenne celebrazione presieduta da Papa Pasquale II nel 1117, dopo lavori di ampliamento voluti dal cardinale Conone, come si potrà notare dagli elementi romanici della parte superiore della facciata e da una porzione del campanile. Sempre in facciata si possono notare alcuni segni, interpretati in passato come tracce della meridiana solare di cui ci parla Varrone (De lingua latina). All’interno della chiesa si possono notare alcune tavole dipinte del 1500 e del 1600, alcune lapidi molto antiche, anche altomedioevali e la copia della Pietà di Palestrina di Michelangelo. Un’ importante testimonianza sull’esistenza a Praeneste di un anfiteatro ed un avallo alla tradizione religiosa circa il martirio del Santo Agapito ci è dato da un frammento lapideo che era custodito in questa chiesa (oggi al Museo Diocesano Prenestino di Arte Sacra).
